Zapatistene har bygget opp autonomi gjennom egne soner kalt caracoles (spiraler) og «råd for godt styre» (Juntas de buen gobierno). Disse fungerer som samordningsinstanser for de autonome kommunene i hvert område. Ifølge deres subcomandante Marcos er vinden som kommer nedenfra, opprørets og verdighetens vind. Den representerer et håp om å forvandle opprør til frihet og verdighet. I Chiapas har de funnet nye måter å organisere samfunnet på