FBI-agenter skal i forkant av 11. September ha visst om både datoer, mål, finansiering og navn på gjerningsmenn i de kommende terrorangrepene. Men de hevder selv at de ikke ble hørt på, eller regelrett motarbeidet. Eksempelvis mener den erfarne FBI-agenten John O’Neill at hans arbeid ble motarbeidet og forhindret av Det hvite hus da han etterforsket Osama bin Laden. Og FBI-agent Ken Williams som forsket på mulige terrorister på flyskoler i Phoenix ble omplassert midt under etterforskningen. FBI i Minneapolis søkte FBI sentralt om tillatelse til å undersøke den bærbare datamaskinen til flyver Moussaoui siden de fryktet at han hadde planer om å «fly noe inn i World Trade Center»–men ble avvist fire ganger. FBI, CIA og amerikanske luftfartsmyndigheter var allerede i 1995 kjent med at Al-Quaida hadde utviklet en plan om bruke passasjerfly som bomber–selv om man i dag hevder at slik informasjon ikke fantes. Nå hevdes det at både FBI og CIA med hensikt blokkerte etterforskning som kunne avverget katastrofen.